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屋久島の北東部海岸に位置し，近くには校区に屋久島空港があり，主要港である宮之浦港まで約９キロメートル，安房港までが約１１キロメートルと，地理的には便利です。校区は，小瀬田地区と長峰地区とからなっており，校舎の前には太平洋を望み，後ろには愛子岳がそびえております。